上饶市疾病预防控制中心的前身是原上饶市卫生防疫站，创建于是1952年2月，名为江西省第五防疫大队，后改为上饶地区卫生防疫站，1999年撤地设市后改为上饶市卫生防疫站。2004年11月，现防疫体制改革为上饶市疾病预防控制中心。
上饶市疾控中心2003年7月列为国债资金建设项目，属我市重点工程之一，座落于信州区民主新区凤凰大道南侧府西路西侧路口，占地15.82亩，建筑面积5875平方米，工程总投资666万元。
经过国债项目、日元贷款项目以及省专项资金的大量投入，上饶市疾控中心已经建设成为上饶市辖区内疾病预防控制业务指导中心、专业技能培训中心、疾病信息管理中心、疾病控制卫生质量检测检验中心，具备应对重大传染性疾病综合防控、各类中毒及生物化学恐怖等突发公共卫生事件的快速反应和基本处置能力。全面提升了我市疾病预防控制工作平台，提高了对重大传染性疾病和突发公共卫生事件的处理能力，为保障人民群众的健康安全奠定了坚实的基础。
2020年3月，上饶市疾病预防控制中心获得三八红旗集体称号。
2020年12月30日，上饶市疾病预防控制中心党总支被授予“江西省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“江西省先进基层党组织”称号。
2021年3月1日，被全国妇联授予“全国巾帼文明岗”称号。